「自分の山札が受けるダメージを0にできる」効果について、相手の攻撃してきたカードが「相手の効果を受けない」を持っている場合、その耐性によってこの「山札が受けるダメージを0にする」効果は防がれてしまいますか？

防がれません。

「山札が受けるダメージ」とは、「山札への攻撃によって山札から墓地へ送られることになるカードの枚数」のことをいいます。この定義の時点で、対象は攻撃してきた相手のカードでも、相手プレイヤーでもありません。「自分の山札から墓地へ送られる枚数」という、自分の山札側だけで決まる数値を指しています。したがって「自分の山札が受けるダメージを0にできる」効果も、相手のカードや相手プレイヤーを対象にする効果ではなく、この「自分の山札が攻撃によって受けるダメージ」という事象そのものを、発生の都度0にできる効果です。

「効果を受けない」は、そのカード自身の状態変化（位置・向き・数値等、そのカード自身に直接生じる変化）を防ぐ耐性です。レストする/アクティブにする、ウラ/オモテにする、別の領域（山札,手札,墓地,他のカードの上等）へ移動させる、パワーを増減する等の効果はこれによって防がれます。一方、「山札が受けるダメージを0にできる」効果は、攻撃したカード自身には何の変化も与えません。変わるのは、攻撃を受けた側の山札から墓地へ送られるカードの枚数だけです。攻撃したカードに生じる変化がそもそも存在しないため、その耐性が働く余地はなく、この効果は防がれません。

例えば〈伊達政宗〉月光斬撃の独眼竜｛男伊達｝（場,手札,場の下にある時、これは相手の効果を受けない。）を持つ政宗が通常の攻撃で相手の山札を攻撃した場合でも、相手は〈真田昌幸〉｛九度山の遺計｝や〈内藤昌豊〉｛国峯城無血攻略｝でそのダメージを0にできます。

なお、相手が複数枚で攻撃してくる場合にどの攻撃のダメージを0にするか選べるように見えるのも、あらかじめどのカードを対象にするか指定しているのではなく、攻撃ごとにダメージが発生するたびその場で権利を使うかどうかを判断できるためです。