「山札が受けるダメージを0にできる」で、「相手の山札の上からN枚墓地へ送る」効果を防ぐことはできますか？

いいえ、できません。
「山札が受けるダメージを0にする」効果で防ぐことができるのは、相手の攻撃によって受けるダメージのみです。