人物の名前が同じで二つ名（異名）が違うカードをデッキに3枚以上入れられますか？

はい、入れられます。
「同名カード」の定義は「二つ名」と「名前」がどちらも同じことなので、名前が同じカードでも二つ名が違えば、それぞれ2枚ずつ（〈シュン〉〈シオリン〉〈ハマボウ〉に関しては4枚ずつ）までデッキに入れることができます。
例えば「第六天魔王　織田信長」と「尾張の大うつけ　織田信長」は、それぞれ2枚ずつデッキに入れることができます、