自分の場に「自然哲学の数学的原理 ニュートン」があり、相手の場にランク2以上のオモテのカードがない場合、自分はレベル2以上の事変を発動できなくなりますか？

はい、レベル2以上の事変は発動できない状態になります。
「自然哲学の数学的原理 ニュートン」の｛微積分<Ne>｝の効果で自分の場のオモテのカード全てはランク1としてのみ扱うので、レベル2以上の事変カードの発動条件（自分か相手の場に指定されたランク以上のオモテのカードがある時に発動できる）が満たされなくなるためです。