自分の場に〈周瑜〉が2枚ある状態で「小覇王　孫策」の｛断金の交わり<孫>｝を発動した場合、追加で12枚墓地へ送られますか？

いいえ。

「〈周瑜〉1枚につき」という表記ではなく「〈周瑜〉があるなら」という表記なので、〈周瑜〉が2枚以上あっても、追加で墓地へ送られる枚数は6枚になります。