複数枚を対象にする除去効果で、除去耐性を持たないカードと、その耐性によって守られている他のカードが同時に選ばれた場合、守られているカードも除去されますか？

いいえ、除去されません。耐性を持たないカードだけが除去されます。

複数枚が対象になる除去効果は、対象になったカードをまとめて同時に墓地へ送る処理です。同時処理では、送られる前の場の状態を基準にどのカードを実際に除去できるかが決まるため、耐性を付与している側のカード自身は、その効果でまだ場を離れていない前提のまま判定されます。したがって、耐性を持つ他のカードはそのまま保護され続け、耐性の対象になっていない（自分自身は保護しない）カードだけが除去されます。

具体例（卞氏・曹操・曹仁）

自分の場に〈卞氏〉と〈曹操〉、〈曹仁〉がある時に、相手が〈大久保利通〉・〈西郷隆盛〉・〈木戸孝允〉（それぞれ｛維新三傑｝を持つ）を場に揃えて｛維新三傑｝（自分の場に〈大久保利通〉と〈西郷隆盛〉と〈木戸孝允〉がある時、相手の場のカードを全て墓地へ送る。）を発動した場合を考えます。〈卞氏〉の｛曹一家の守り神｝（自分の場の【魏】かつ〈曹〉全ては、相手の効果で場を離れない。）は、【魏】でありかつ名前に〈曹〉を含むカードを保護する効果です。〈曹操〉と〈曹仁〉は【魏】かつ〈曹〉なのでこの耐性の対象になり除去されませんが、〈卞氏〉自身は名前が〈曹〉ではないため対象に含まれず、除去されます。

具体例（大井夫人・武田軍）

同じ考え方は「他の◯◯全ては」のように自分自身を保護対象から外すタイプの耐性でも成り立ちます。〈大井夫人〉の｛古長禅寺｝（自分の場の他のオモテの【武田軍】と〈武田信玄〉全ては、相手の効果でレストせず、墓地へ送られない。）が場にある状態で、複数枚をまとめて対象にする除去効果（例：〈関羽〉の｛関羽千里行｝＝パワーの合計7000まで、相手の場のオモテのカードを好きな枚数墓地へ送る。）で〈大井夫人〉と他の【武田軍】をまとめて選んでも、他の【武田軍】・〈武田信玄〉は保護されたまま残り、保護対象に含まれない〈大井夫人〉自身だけが墓地へ送られます。