「鬼の副長　土方歳三」の｛新撰組｝には「召」のマークがないものがありますが、「召」のマークがあるものとして発動できますか？

はい、発動できます。
大会では全てのカードについて、使っているカードの表記がどんなものだったとしても、最新版の表記のカードとして扱います。（詳細は関連するQ&Aをご覧ください）